Bắt đầu từ thời Trung cổ, người Hồi giáo gọi những người dị giáo và những người chống đối Hồi giáo là zindiqs, và kết án tử hình họ [6]

Các học giả và các triết gia Hồi giáo thời trung cổ như Avicenna và Averroes bị kết tội dị giáo.[7]

Nhiều tín đồ trong hai dòng chính của Hồi giáo là Sunni và Shi'as đã coi nhau là dị giáo. Các nhóm như Ismailis, Hurufiya, Alawis, Bektashi và Sufi cũng bị coi là dị giáo bởi nhiều người, chẳng hạn như nhóm Salafi siêu bảo thủ. Dù nhóm Sufism không hoàn toàn được chấp nhận là hợp lệ bởi một số tín đồ dòng Shi'a và nhiều tín đồ dòng Sunni, phong trào gần đây của Wahhabism xem họ là dị giáo.

Trong thế kỷ 21, người Hồi giáo cải đạo (đồi sang đạo khác) vẫn thường bị đối xử rất khắc nghiệt và thường xuyên bị giết.

Trong một số quốc gia và vùng lãnh thổ hiện đại mà luật Sharia được áp dụng, dị giáo vẫn được xem là một hành vi phạm tội có thể bị kết án tử hình. Một ví dụ như vậy là gần đây, chính phủ Iran đã công bố một khoản tiền thưởng đáng kể cho bất cứ ai ám sát thành công tác giả Salman Rushdie vì những tác phẩm đã được công nhận là "dị giáo".